"遗传密码有64种,但是绝大多数生物倾向于利用这些密码子中的一部分。那些被最频繁利用的称为最佳密码子(optimal codons),那些不被经常利用的称为稀有或利用率低的密码子。
外源基因中的稀有密码子是影响大肠杆菌表达的重要因素。稀有密码子尤其是串联稀有密码子能降低甚至耗竭包内同源tRNA,降低蛋白表达水平,并且具有显著的位置效应。另外稀有密码子可以引起外源mRNA翻译过程中的移码翻译,氨基酸错配和核糖体跳跃等事件。