自1982年以来，被发现的核酸类酶越来越多，对它的研究也越来越深入和广泛。但是由于历史不长，对于其分类和命名还没有统一的原则和规定。
根据酶催化反应的类型，可以将R-酶分为3类: 剪切酶、剪接酶和多功能酶。根据酶催化的底物是其本身RNA分子还是其他分子，可以将R-酶分为分子内催化和分子间催化两类。根据R-酶的结构特点不同，可分为锤头型R-酶、发夹型R-酶、含I型间隔序列(IVS) R-酶、含II型间隔序列(IVS) R酶等。
根据现有资料，将R-酶的初步分类简介如下。
（1）分子内催化R-酶 分子内催化的R-酶是指催化本身RNA分子进行反应的一类核酸类酶。这类酶是最早发现的核酸类酶。该大类酶均为RNA前体。由于这类酶是催化本身RNA分子反应，所以冠以“自我”字样。根据酶所催化的反应类型，可以将该大类酶分为自我剪切和自我剪接两个亚类。
①自我剪切酶 自我剪切酶是指催化本身RNA进行剪切反应的R酶。具有自我剪切功能的R-酶是RNA的前体。它可以在一定条件下催化本身RNA进行剪切反应，使RNA前体生成成熟的RNA分子和另一个RNA片段。
②自我剪接酶 自我剪接酶是在一定条件下催化本身RNA分子同时进行剪切和连接反应的R-酶。自我剪接酶都是RNA的前体。它可以同时催化RNA前体本身的剪切和连接两种类型的反应。根据其结构特点和催化特性的不同，该亚类可分为两个小类，即含I型IVS的R-酶和含II型IVS的R-酶。
（2）分子间催化R-酶: 分子间催化R-酶是催化其他分子进行反应的核酸类酶。根据所作用的底物分子的不同，可以分为若干亚类。
①作用于其他RNA分子的R-酶 该亚类的酶可催化其他RNA分子进行反应。根据反应的类型不同，可以分为若干小类，如RNA剪切酶、多功能R-酶等。
a. RNA剪切酶 RNA剪切酶是催化其他RNA分子进行剪切反应的核酸类酶。
b.多功能R-酶 多功能R-酶是指能够催化其他RNA分子进行多种反应的核酸类酶。
②作用于DNA的R-酶 该亚类的酶是催化DNA分子进行反应的R-酶。
③作用于多糖的R-酶 该亚类的酶是能够催化多糖分子进行反应的R-酶。
④作用于氨基酸酯R-酶 1992年，发现了以催化氨基酸酯为底物的R-酶。该酶同时具有氮基酸酯的剪切作用、氨酰基-tRNA的连接作用和多肽的剪接作用等功能。